Es posible que el ozono no mate organismos grandes ni elimine sustancias químicas inorgánicas, metales pesados ​​o quistes grandes, por lo que estos otros elementos deben tratarse mediante filtración u otro tratamiento antes del tratamiento con ozono. El ozono también es eficaz para controlar los problemas de color, sabor y olor. El ozono oxida el manganeso y el hierro en partículas sólidas que se pueden filtrar y eliminar.

Los sistemas de tratamiento de ozono generalmente se instalan como un sistema de esterilización de punto de entrada principal. El ozono se mezclará con el agua, se crean burbujas para asegurar que el ozono esté en contacto con el agua sin tratar. Para tener el tratamiento más efectivo, lo mejor es tener una buena turbulencia y presión diferencial. El caudal de agua es importante para dimensionar un sistema de ozono.

Una vez que se determina el caudal de agua, determinamos el tiempo de contacto con el ozono dentro del agua para determinar la eficacia más eficiente de la ozonización. El ozono requiere un tiempo de contacto más corto que el cloro en la mayoría de los casos. Además, en la mayoría de los casos, cuanto más baja es la temperatura del agua, más ozono se disuelve en el agua. El ozono es eficaz en una amplia gama de pH, pero un pH superior a 7 aumenta la eficacia del tratamiento. La cantidad de ozono requerida depende del nivel de contaminación en el agua que necesita ser tratada. Si las sustancias en el agua a tratar reaccionan con el ozono, parte del ozono producido e inyectado en el agua se gasta, lo que dejará menos ozono disponible para tratar los contaminantes específicos.