قد لا يقتل الأوزون الكائنات الحية الكبيرة أو يزيل المواد الكيميائية غير العضوية أو المعادن الثقيلة أو الأكياس الكبيرة ، لذلك يجب معالجة هذه العناصر الأخرى بالترشيح أو غير ذلك من العلاجات قبل المعالجة بالأوزون. الأوزون فعال أيضًا في التحكم في مشاكل اللون والذوق والرائحة. يعمل الأوزون على أكسدة المنغنيز والحديد إلى جزيئات صلبة يمكن ترشيحها والتخلص منها.

عادة ما يتم تركيب أنظمة معالجة الأوزون كنظام تعقيم أساسي في نقطة الدخول. سوف يختلط الأوزون مع الماء ، ويتم إنشاء فقاعات للتأكد من أن الأوزون ملامس للماء غير المعالج. للحصول على العلاج الأكثر فعالية ، من الأفضل أن يكون هناك اضطراب جيد وضغط تفاضلي. معدل تدفق المياه مهم لتحديد حجم نظام الأوزون.

بمجرد تحديد معدل تدفق المياه ، فإننا نحدد وقت ملامسة الأوزون داخل الماء لتحديد الفعالية الأكثر كفاءة للأوزون. يتطلب الأوزون وقت ملامسة أقصر من الكلور في معظم الحالات. أيضًا في معظم الحالات ، كلما انخفضت درجة حرارة الماء ، زاد ذوبان الأوزون في الماء. الأوزون فعال على نطاق واسع من الأس الهيدروجيني ، لكن درجة الحموضة أعلى من 7 تزيد من كفاءة المعالجة. تعتمد كمية الأوزون المطلوبة على مستوى التلوث في الماء الذي يحتاج إلى المعالجة. إذا تفاعلت المواد الموجودة في الماء المراد معالجتها مع الأوزون ، فسيتم استهلاك جزء من الأوزون المنتج وحقنه في الماء ، مما يترك كمية أقل من الأوزون متاحًا لمعالجة الملوثات المستهدفة.